Баян-Өлгий аймаг нь хамгийн баруун захад Монгол Алтайн уулсын бүсэд далайн төвшнөөс дээш 1301-4374м өндөрт оршино. Баруун талаараа Алтайн нурууны хяр дагаж БНХАУ-тай 450км, хойт талаараа Сийлхэмийн нуруу дагаж ОХУ-тай 225км хиллэдэг. Өндөрлөг газар оршдог учраас уур амьсгал ерөнхийдөө сэрүүн байдаг.